La direction de l'ESSECT repose suir des instances élues ou nominées. Il s'agit de
Le Directeur est élu par le consil scientifique pour un mandat de trois ans. Il assure la direction scientifique, pédagogique et administrative. Il est l'ordonnateur délégué du budget (dans les limites de ses précompétences) et représente l'établissement vis-à-vis de l'Université et des partenaires tiers. Il veille au respect du règlement intérieur et à la sécurité au sein de l'établissement. Il préside obligatoirement le Conseil Scientifique.
Le Directeur des Études est le pivot opérationnel de la scolarité. Il coordonne l'élaboration des emplois du temps, la répartition des charges horaires des enseignants et l'organisation matérielle des examens. Il assure le suivi des dossiers des étudiants (inscriptions, assiduité, commissions de discipline) et veille à l'application rigoureuse du régime des études (LMD ou autre). Il est nominé par le directeur.
Il est le point de contact entre l'institution et le tissu économique. Il est chargé de prospecter des offres de stages, de gérer les conventions de stage entre l'établissement et les entreprises, et de superviser le calendrier des stages de fin d'études (PFE). Il coordonne l'évaluation des rapports de stage et l'organisation des soutenances. Il participe activement à la mise en place de "l'espace entreprise" au sein de l'établissement.